|
ИСТИНА |
Войти в систему Регистрация |
ИПМех РАН |
||
Молекулярное моделирование образование комплексов белков цитохрома c6 c цитохромом f из цианобактерий Nostoc, Phormidium laminosum и зеленой водоросли Chlamydomonasтезисы доклада
- Авторы: Федоров В.А., Хрущев С.С., Коваленко И.Б., Ризниченко Г.Ю.
- Сборник: МАТЕМАТИКА. КОМПЬЮТЕР. ОБРАЗОВАНИЕ. XXVIII международная конференция
- Серия: МАТЕМАТИКА. КОМПЬЮТЕР. ОБРАЗОВАНИЕ
- Том: 28
- Тезисы
- Год издания: 2021
- Издательство: Научно-издательский центр "Регулярная и хаотическая динамика"
- Местоположение издательства: Ижевск
- Первая страница: 111
- Последняя страница: 111
- Аннотация: Образование короткоживущих белок-белковых комплексов – это сложный многостадийный процесс: в результате диффузии белки образуют столкновительные комплексы, которые затем могут трансформироваться в финальный комплекс, пройдя при этом через ряд метастабильных состояний, или распасться. Детальное экспериментальное изучение таких процессов затруднено тем, что они происходят на существенно различных пространственных и временных масштабах и характеризуются высокой сложностью. В настоящем исследовании предлагается использовать методы молекулярного моделирования для полного детального изучения процессов образования белок-белковых комплексов цитохрома c6 и цитохрома f в цианобактерий Nostoc, Phormidium laminosum и зеленой водоросли Chlamydomonas. В данной работе использовались комбинированный подход броуновской и молекулярной динамики и иерархический кластерный анализ.Несмотря на достижение белками цитохрома c6 и цитохромом f из Phormidium энергетически выгодных взаимных расположений, окислительно-восстановительные центры белков (гемы цитохрома f и цитохрома c6) при этом всегда находятся на большом расстоянии, на котором перенос электронов маловероятен. Это означает, что электростатически выгодные столкновительные комплексы не являются функционально-активными. Для цианобактериальных белков из Nostoc образование комплекса цитохрома c6 и цитохрома f с энергией электростатического взаимодействия 4 kТ или более является довольно частым событием, и, в отличие от Phormidium, в более 26% случаев цитохром c6 связывается с цитохром f непосредственно вблизи области расположения гема последнего в одной из трех преобладающих ориентациях. Образование диффузионно столкновительных комплексов в зеленой водоросли Chlamydomonas происходит также часто как и в цианобактерии Nostoc, однако белки могут достигать еще больших значений энергии (более 8 kT) и в трети случаев образовывают продуктивные комплексы.
- Добавил в систему: Хрущев Сергей Сергеевич