|
ИСТИНА |
Войти в систему Регистрация |
ИПМех РАН |
||
PQ, a new character-based program for phylogenetic reconstructionтезисы доклада Электронная публикация
- Авторы: Penzar D., Krivozubov M., Spirin S.
- Сборник: F1000Research
- Том: 5
- Тезисы
- Год издания: 2016
- Первая страница: 2178
- DOI: 10.7490/f1000research.1113012.1
- Аннотация: Данная электронная публикация представляет собой стендовый доклад на 15-ой Европейской конференции по вычислительной биологии (ECCB'16, 3-7 сентября 2016, Гаага, Нидерланды). Представлена новая программа филогенетической реконструкции белков, называемая PQ. Она основана на новом оригинадьном алгоритме оценки качества филогенетического дерева. Веб-интерфейс к программе доступен по адресу: http://mouse.belozersky.msu.ru/tools/pq/ . Программа тестировалась на нескольких тысячах выравниваний ортологичных белков животных, грибов и протеобактерий; выравнивания состояли из 10, 15, 30 или 45 последовательностей. Было показано, что для всех размеров выравниваний PQ превосходит по качеству реконструкции программы, основанные на принципах максимального правдоподобия и максимальной экономии. Для небольших выравниваний (10-15 последовательностей) она превосходит также программу FastME [3], основанную на принципе "сбалансированной минимальной эволюции". В то же время на больших выравниваниях (45 последовательностей) FastME чаще превосходит по качеству программу PQ.
- Добавил в систему: Спирин Сергей Александрович