Анализ геномов двух бактериобионтов лишайников, Lichenibacterium ramalinae и Lichenibacterium minor: токсин‒антитоксин системы и белки секрециистатья
Статья опубликована в журнале из списка RSCI Web of Science
Статья опубликована в журнале из перечня ВАК
Статья опубликована в журнале из списка Web of Science и/или Scopus
Дата последнего поиска статьи во внешних источниках: 8 апреля 2022 г.
Аннотация:Проведен анализ геномов двух бактериобионтов кустистого эпифитного лишайника Ramalina pollinaria – Lichenibacterium ramalinae и L. minor. Выявлены генетические детерминанты, потенциально определяющие интеграцию и адаптацию этих бактерий в талломах лишайников. Впервые проведена оценка генных детерминант факторов реакции на стресс и систем секреции лишайниковых бактериобионтов. Гены, кодирующие белки токсин‒антитоксин (ТА) систем VapCB, имели уровень гомологии >60% с генами известных симбионтов растений – Bradyrhizobium, Sinorhizobium, Agrobacterium, Mesorhizobium и Ralstonia, а также Bartonella – патогеном человека. Гены, кодирующие белки системы секреции II типа, найдены в геномах обоих видов. Гены, кодирующие белки секреции VI типа, обнаружены только в геноме L. ramalinae, при этом они гомологичны таковым у эпифитного Methylobacterium, патогена растений Agrobacterium и корневых симбионтов растений Rhizobium и Neorhizobium. Степень гомологии генов, кодирующих белки ТА и белков систем секреции, с генами бактерий, ассоциированных с растениями, составляет более 60%. Это позволяет предположить, что основной мишенью инвазии могут быть зеленые водоросли. Обнаружение в геномах лишайниковых бактериобионтов генов синтеза уреаз позволило сформулировать гипотезу, согласно которой разложение мочевины приводит к дополнительному снабжению компонентов симбиоза аммонием и гидрокарбонатом. Последний может быть потенциально использован фототрофными эукариотами и прокариотами как источник дополнительного углерода. Анализ геномов бактериобионтов лишайников L. ramalinae и L. minor показал, что их стратегии выживания могут различаться: L. ramalinae теснее интегрирован в симбиоз, в то время как L. minor характеризуется большим количеством черт автономности.