Аннотация:Методами молекулярной динамики с потенциалами, построенными по теории квантовой механики/молекулярной механики, сопоставлены динамические свойства фермент-субстратных комплексов вреакции гидролиза гуанозинтрифосфата (GTP) нативным ферментом Ras и его вариантом G12VRas с онкогенной точечной заменой. Молекулярные модели систем, включающих гуанозинтрифосфат-связывающий белок Ras, белок-ускоритель GAP, субстрат GTP и каталитическую молекулу воды, построены на основе атомных координат комплекса из базы данных белковых структур. Анализ полученных распределений вдоль молекулярно-динамических траекторий для расстояний междуатомом кислорода каталитической молекулы воды в активном центре комплекса и атомом фосфораγ-фосфатной группы GTP показал, что замена G12V приводит к росту популяций с большими расстояниями между реактантами, снижая таким образом долю фракции реакционных конформацийдля реакции гидролиза.