|
ИСТИНА |
Войти в систему Регистрация |
ИПМех РАН |
||
Влияние уходящей группы на механизм гидролиза фосфорорганических соединений фосфотриэстеразой из бактерии Pseudomonas diminutaстатья
Статья опубликована в журнале из списка RSCI Web of Science
Статья опубликована в журнале из перечня ВАК- Авторы: Кулакова А.М., Мулашкина Т.И., Немухин А.В., Хренова М.Г.
- Журнал: Известия Академии наук. Серия химическая
- Номер: 5
- Год издания: 2022
- Издательство: ФГБУ "Издательство "Наука"
- Местоположение издательства: Москва
- Первая страница: 921
- Последняя страница: 926
- Аннотация: Построена полноатомная модель димера фосфотриэстеразы из бактерииPseudomonas diminuta с фосфорорганическими соединениями с хорошо и плохо уходящими группами, дибутил-4-нитрофенилфосфатом и дибутилфенифосфатом соответственно. Проведенное молекулярно-динамическое моделирование с потенциалами комбинированного метода квантовой механики/молекулярной механики показало различия в свойствах интермедиатов реакции гидролиза с пентакоординированным атомом фосфора для этих субстратов. В случае субстрата с хорошо уходящей группой связь между атомами фосфора и кислорода уходящей группы болееслабая, чем между атомами фосфора и кислорода нуклеофильного гидроксиданиона, что приводит к практически безбарьерному образованию продуктов реакции из интермедиата. Для субстрата с плохо уходящей группой наблюдается противоположная картина, что способствует возвращению системы из интермедиата в реагенты. Такие выводы сделаны на основании анализа распределений длин связейвдоль траекторий, а также анализа карт лапласиана электронной плотности в реакционной области.
- Добавил в систему: Хренова Мария Григорьевна
Прикрепленные файлы
| № | Имя | Описание | Имя файла | Размер | Добавлен |
|---|