|
ИСТИНА |
Войти в систему Регистрация |
ИПМех РАН |
||
Классификация пивоваренных сортов Humulus lupulus на основании данных метаболомного профилирования образцов методом ВЭЖХ-МСВРтезисы доклада
- Авторы: Ихалайнен Ю.А., Родин И.А., Плющенко И.В.
- Сборник: Материалы Международного молодежного научного форума «Ломоносов-2022»
- Редакторы: Алешковский Иван Андреевич, Андриянов Андрей Владимирович, Антипов Евгений Александрович, Зимакова Екатерина Игоревна
- Серия: Гидрометеорология
- Том: 39
- Тезисы
- Год издания: 2022
- Издательство: ООО "МАКС Пресс"
- Местоположение издательства: Москва
- Аннотация: Омиксный подход, применимо к анализу объектов царства растений, находит самое разное применение: от решения задач ботанической классификации, до поиска потенциальных биологически активных соединений. Наша работа направленна на классификацию пивоваренных сортов Humulus lupulus на основании данных хроматомасс-спектрометрического профилирования образцов этого растения методом ВЭЖХ-МС высокого разрешения, в том числе, с целью выявления соединений маркеров, характеризующих ту или иную группу. В ходе составления коллекции образцов использовались литературные данные о генетическом родстве сортов. Одной из целей работы также являлось сравнение результатов генетической и метаболомной классификации.В исследовании учувствовало 18 сортов хмеля, каждая в трёх биологических проворностях. В силу специфики ненаправленного эксперимента, была проведена рандомизация экспериментального сиквенса, а так же использовались образцы контроля качества. Хроматографический анализ проводился с использованием хроматомасс-спектрометра Shimadzu LCMS-IT-TOF, оснащенного источником электрораспылительной ионизации и колонки для обращено-фазовой хроматографии Thermo Acclaim RSLC 120 C18. Разметка пиков и выравнивание полученных хроматограмм проводилось с использованием пакетов IPO и XCMS для языка R. Полученные таблицы пиков прошли процедуру предобработки, включающую такие этапы как: заполнение пропущенных значений, коррекция сигнала, фильтрация и нормализация. Для уточнения меток групп для наших образцов, была проведена классификация “с частичным привлечением учителя” с помощью иерархического кластерного анализа по данным координат образцов на десяти главных компонентах. Для выявления соединений-маркеров был проведён ряд статистических тестов, предикторы выбирались исходя из пересечения следующих критериев: p значение < 0.05 (t-тест и его непараметрические аналоги), кратность изменения (fold change) > 1, VIP значение из модели ЧНК > 1. Для выбранных соединений были получены спектры фрагментации на разных энергиях, на основании которых была проведена предварительная идентификация компонентов с использованием инструментов для in-silico генерации MS2 спектров (Metfrag и CFM-ID).
- Добавил в систему: Плющенко Иван Викторович
Прикрепленные файлы
| № | Имя | Описание | Имя файла | Размер | Добавлен |
|---|---|---|---|---|---|
| 1. | Himiya_-_Analiticheskaya_himiya_-_Konferentsiya_Lomonosov-2… | Himiya_-_Analiticheskaya_himiya_-_Konferentsiya_Lomonosov-2… | 270,2 КБ | 19 августа 2022 [Plyush1993] | |
| 2. | Полный текст | Ihalajnen_tezisyi_Lomonosov_2022.pdf | 129,5 КБ | 19 августа 2022 [Plyush1993] |