Аннотация:На основе моделирования элементарных процессов каталитического цикла ферментов проведен анализ профилей свободной энергии вдоль координаты реакциидля нескольких модельных реакций. Показан существенный вклад быстрых нелимитирующих стадий, представляющих собой конформационные изменения/подстройки, и стадии переноса протона в осуществление каталитического цикла и реализацию высоких скоростей ферментативных реакций. На основе анализа профилей свободной энергии определены константы скорости конформационных изменений и стадий переноса протона. В большинстве случаев времена жизни конформеров лежат в области 10–10 с. Отличительной чертой ферментативного катализа является многостадийность реакций, при этом каталитический цикл реализуетсяв конформационно подвижной полимерной матрице с конформационной подстройкой активного центра фермента.