|
ИСТИНА |
Войти в систему Регистрация |
ИПМех РАН |
||
Паккерные состояния иононовых колец каротиноидовтезисы доклада Тезисы
- Авторы: Сурков М.М., Мамчур А.А., Ярошевич И.А.
- Сборник: СБОРНИК НАУЧНЫХ ТРУДОВ VII СЪЕЗДА БИОФИЗИКОВ РОССИИ: в 2 томах
- Том: 1
- Тезисы
- Год издания: 2023
- Место издания: Типография ФГБОУ ВО «КубГТУ» Краснодар, Россия
- Первая страница: 95
- Последняя страница: 96
- Аннотация: Свойства белок-пигментного комплекса определяются входящим в его состав пигментом и способом его координации в активном центре. В случае каротенопротеинов, конфигурация сайта связывания пигмента зависит от конформационной динамики каротиноида в их составе. Один из вариантов изменения конформации каротиноида – переход его иононового кольца между различными вариантами неплоской структуры – паккерными состояниями (от англ. to pucker – морщиться»). В нашем исследовании в рамках методов молекулярного моделирования была исследована конформационная динамика пяти различных каротиноидов.Объектами исследования были выбраны иононовые кольца астаксатина (AST), бета-каротина (BCT),кантаксантина (CAN), лютеина (LUT) и зеаксантина (ZEA). Энергии паккерных состояний были рассчитаны в рамках метода молекулярной динамики с использованием пакета GROMACS. Длительность симуляции составила 1 мкс для каждого каротиноида. В результате для исследованного ряда каротиноидов охарактеризованы энергетические профили паккерных состояний (паккерные карты). Было показано, что барьер перехода между энергетическими минимумами для иононовых колец, содержащих два sp2-гибридных атомауглерода (BCT, LUT, ZEA) вдвое ниже, чем для иононовых колец AST и CAN, содержащих по три sp2-гибридных атома углерода. Для AST показано снятие энергетического вырождения для двух паккерных состояний, обусловленное образованием внутримолекулярной водородной связи.Для каждого паккерного состояния, в рамках методов вычислительной квантовой химии с использованием пакета ORCA, были построены профили потенциальной энергии вращения вокруг С6 – С7 и С6’ – C7’ связей. Показана значительная модификация соответствующих профилей в зависимости от паккерного состояния боковой циклической группы.
- Добавил в систему: Мамчур Александра Александровна