Toe-seq – новый метод определения сиквенс-специфичности антибиотиков. Сиквенс-специфичность антибиотика этамицина А

Комарова, Е.С.; Кабилов, М.Р.; Зотова, П.А.; Сергиев, П.В.

Авторы: Комарова Е.С., Кабилов М.Р., Зотова П.А., Сергиев П.В.
Сборник: XXII Зимняя молодежная школа по биофизике и молекулярной биологии Тезисы докладов Молодежной конференции
Тезисы
Глава в коллективной монографии
Год издания: 2023
Издательство: НИЦ «Курчатовский институт»
Местоположение издательства: Москва
Первая страница: 112
Последняя страница: 113
Аннотация: Около половины известных антибиотиков подавляет процесс биосинтезабелка. Часть из них обладает сиквенс-специфичностью, то есть болееэффективно подавляет трансляцию полипептидной цепи определенногоаминокислотного состава или конкретной нуклеотидной последовательностимРНК.Одним из методов, используемых для определения сиквенсспецифичности антибиотиков является тоепринт: с помощью длиныпродукта обратной транскрипции можно с точностью до нуклеотида определитьположение рибосомы на мРНК, в котором произошла остановка трансляции.Тоепринт является наглядным и точным методом, однако он ограниченконкретной последовательностью мРНК, используемой в эксперименте.Новый метод toe-seq, разработанный в нашей лаборатории, позволяетанализировать большое количество мРНК (порядка 10^4) одновременно. Основойданного метода является тоепринт, который проводится с использованиембиблиотеки ДНК-матриц с рандомизированными кодирующимипоследовательностями. Полученные продукты обратной транскрипциианализируются с помощью NGS-секвенирования. Данный метод позволяетопределить влияние антибиотика на трансляцию различных мРНК в одномэксперименте.Новый метод был применен к нескольким антибиотикам, среди которых:эритромицин, хлорамфеникол, тетраценомицин Х, этамицин А. Данные дляантибиотиков с известной сиквенс-специфичностью (хлорамфеникол,эритромицин) совпали с имеющимися литературными данными.По результатам toe-seq метода для антибиотика этамицина А была выбранаматрица с мотивом остановки трансляции (в направлении от N-конца к C-концуот положения –2 до А-сайта: fMet-Val-Val-Lys). Для этой матрицы былипроведены аминокислотные замены, демонстрирующие влияниеаминоацилированной тРНК и встраиваемых в пептидную цепь аминокислот наэффективность трансляции в присутствии этамицина А, эритромицина итетраценомицина Х. Результаты и выводы будут представлены и обсуждены вовремя доклада.
Добавил в систему: Комарова Екатерина Сергеевна

	ИСТИНА	Войти в систему Регистрация
	ИПМех РАН
	Главная Поиск Статистика О проекте Помощь

ИСТИНА

ИПМех РАН

Toe-seq – новый метод определения сиквенс-специфичности антибиотиков. Сиквенс-специфичность антибиотика этамицина Атезисы доклада Тезисы

Прикрепленные файлы