Аннотация:В настоящее время активно используется комбинирование различных подходов с целью исследования новых деталей биологических процессов. Яркими примерами таких комбинаций являются RNA-seq, DNA-seq, ChIP-seq, Flow-seq, которые нашли широкое применение в различных научных областях. Они позволили перевести анализ нуклеиновых кислот, их взаимодействий с белками, а также эффективности работы изучаемых клеточных процессов на высокопроизводительный уровень, тем самым открыв новые возможности и направления не только в молекулярной биологии, но и в медицине. Число таких успешных примеров можно дополнить новым разработанным в нашей лаборатории методом Toe-seq, сочетающим флуоресцентный тоупринтинг и высокопроизводительное секвенирование (NGS). В основе метода Toe-seq лежит система in vitro трансляции, в которой используется библиотека мРНК с рандомизированным участком в кодирующей области и различные антибиотики, и последующей обратной транскрипции с использованием флуоресцентно меченого праймера, в результате которой образуются тоупринты различной длины в зависимости от места остановки рибосомы. Далее полученные тоупринты подготавливают для амплификации и NGS. В итоге мы получаем набор последовательностей разной длины, позволяющий определить с точностью до нуклеотида места остановок рибосомы на мРНК в присутствии или отсутствие антибиотиков. Благодаря применению метода Toe-seq можно определить возможную специфичность антибиотиков по отношению к последовательности мРНК (сиквенс-специфичность), активно исследуемую разными научными группами в мире. Данный подход можно использовать как в бактериальной системе трансляции, так и в эукариотической, что даёт возможность проводить анализ антибиотической активности с разных сторон. Его применение может внести вклад в детальное изучение молекулярных основ механизма действия антибиотиков и в открытие новых направлений в решении проблемы активного развития резистентности к ним.
