|
ИСТИНА |
Войти в систему Регистрация |
ИПМех РАН |
||
Моделирование Броуновской динамики взаимодействия фотосенсибилизаторов с оболочкой коронавируса SARS-CoV-2тезисы доклада Тезисы
- Авторы: Васюченко Е.П., Коваленко И.Б., Холина Е.Г., Федоров В.А., Хрущев С.С., Страховская М.Г.
- Сборник: XXXI Международная конференция "Математика. Компьютер. Образование": Тезисы
- Тезисы
- Год издания: 2024
- Издательство: Автономная некоммерческая организация Ижевский институт компьютерных исследований
- Местоположение издательства: Ижевск
- Первая страница: 105
- Последняя страница: 105
- Аннотация: SARS-CoV-2 вызвал пандемию COVID-19 в 2019 году. Несмотря на то, что прошло более трех лет после начала пандемии, разработка новых противомикробных препаратов продолжается. Число случаев нового вида коронавируса в настоящее время продолжает расти. В этом исследовании рассматривается взаимодействие между оболочкой коронавируса SARS-CoV-2 и метиленовым синем (МC) и возможные механизмы инактивации коронавирусных частиц.Из-за своих известных антибактериальных и противовирусных свойств МС широко используется в медицинской практике. Он продемонстрировал способность ингибировать различные стадии жизнедеятельности вируса в фотодинамических и фотонезависимых процессах.Модель внешней оболочки SARS-CoV-2, созданная Pezeshkian W. Et al., 2023 [1], была использована для изучения мест связи МС на поверхности коронавируса. Крупнозернистая модель МС была создана в силовом поле Martini [2] с общим зарядом молекулы равным +1. В исследовании использовался метод броуновской динамики для моделирования диффузии и электростатического взаимодействия МС с оболочкой коронавируса. Программный пакет ProKSim использовался для расчетов броуновской динамики [3]. Считалось, что МС образует комплекс с оболочкой вируса в случаях, когда энергия электростатического притяжения между МС и оболочкой превышает 2 kT. 30 000 таких комплексов были получены для изучения приоритетных мест связывания МС с оболочкой коронавируса.Как показало исследование электростатического потенциального поля вирусной оболочки, на ней присутствует много отрицательно заряженных участков. Эти области идеально подходят для связывания MC. Эти области основаны отрицательно заряженными липидами оболочки и областью S белка, соединяющей «голову» и «ногу». Это подтверждает результаты наших предыдущих исследований о связи полноатомной структуры S белка с МС [4]. В этом исследовании мы обнаружили основные структурные компоненты оболочки, с которыми связываются молекулы МС. Отрицательно заряженные липиды, S белки и E белки были основными мишенями связывания МС. Более 50% молекул МС связывались с белком S. Это взаимодействие может повлиять на способность вируса связываться с рецепторами ACE2 на мембране клетки-хозяина. Эти результаты совпадают с результатами эксперимента, в котором показано, что при фотодинамической инактивации вирусных частиц за счет образования синглетного кислорода происходит потеря S белков. Кроме того, МС хорошо связывается с отрицательно заряженными липидами. Это может помешать слиянию мембран вириона и клетки-хозяина. Противовирусные препараты часто стремятся нацеливать на ионный канал E белка. Мы показали, что МС связывается с E-белком и может влиять на вирусную частицу до ее слияния с клеткой-хозяином и после инфицирования, на стадии образования новых вирусных частиц внутри клетки. Эти данные могут помочь нам понять, как МС действует на всех стадиях жизненного цикла коронавируса.
- Добавил в систему: Хрущев Сергей Сергеевич