Molecular dynamics and small-angle x-ray scattering: a comparison computational and experimental approaches to studying the structure of biological complexesстатья
Статья опубликована в журнале из списка RSCI Web of Science
Статья опубликована в журнале из перечня ВАК
Статья опубликована в журнале из списка Web of Science и/или Scopus
Аннотация:Сопоставляются результаты изучения ДНК-белковых комплексов двумя независимыми струк-турными методами – молекулярной динамики (МД) и малоуглового рентгеновского рассеяния(МУРР). МД – это вычислительный метод, позволяющий визуализировать поведение макро-молекул в условиях реальной среды, который базируется на законах физики, но страдает отмногочисленных упрощений. МУРР – это рентгеновский метод, позволяющий восстановитьтрехмерную структуру объекта в растворе по одномерному профилю малоуглового рассеяния,при применении которого встает проблема неоднозначности решения обратных задач. Исполь-зование структурных характеристик комплексов, полученных методом МУРР, для валидацииструктурных 3D-моделей, полученных в МД-эксперименте, позволило значительно снизить ам-бивалентность теоретических предсказаний и показать эффективность сочетания методов МД иМУРР для решения задач структурной биологии.