|
ИСТИНА |
Войти в систему Регистрация |
ИПМех РАН |
||
A benchmark for evaluation of phylogeny reconstruction programsстатья Электронная публикация
- Автор: Sergei Spirin
- Журнал: PeerJ Preprints
- Том: 4
- Номер: e2628v1
- Год издания: 2016
- DOI: 10.7287/peerj.preprints.2628v1
- Аннотация: Имеется множество алгоритмов и программ, предназначенных для реконструкции филогении набора белков на основе выравнивания их последовательностей. К тому же многие программы позволяют задавать параметры своего алгоритма. например, для программ. основанных на принципе максимального правдоподобия, одним из параметров является модель аминокислотных замен. Различные программы и различные наборы параметров одной программы часто выдают различные результаты на одном и том же исходном материале. В настоящее время все опубликованные бенчмарки (наборы эталонных выравниваний с известной филогенией) для сравнения работы различных программ или различных значений параметров основаны на симулированных последовательностях. Целью описанной в данном препринте работы было создать бенчмарк, который позволил бы сравнивать филогенетические программы на больших наборах выравниваний последовательностей природных белков.
- Добавил в систему: Спирин Сергей Александрович