|
ИСТИНА |
Войти в систему Регистрация |
ИПМех РАН |
||
Моделирование трансмембранного домена ГАМКА рецептора по гомологиистатья Исследовательская статья
Статья опубликована в журнале из списка RSCI Web of Science
Статья опубликована в журнале из перечня ВАКСтатья опубликована в журнале из списка Web of Science и/или Scopus
Дата последнего поиска статьи во внешних источниках: 26 февраля 2018 г.
- Автор: Россохин А.В.
- Журнал: Биофизика
- Том: 62
- Номер: 5
- Год издания: 2017
- Издательство: ФГБУ "Издательство "Наука"
- Местоположение издательства: Москва
- Первая страница: 866
- Последняя страница: 875
- Аннотация: Большое число фармакологических препаратов, вызывающих как потенциацию, так и угнетение функций ГАМКА рецепторов (ГАМКАР), связываются в пределах трансмембранного домена рецептора (ТМД). Мы построили ряд моделей ТМД α1β2γ2 ГАМКАР, соответствующих основным функциональным состояниям рецептора: открытому, закрытому и десенситизированному. В качестве шаблонов при гомологическом моделировании мы использовали различные известные на настоящий момент структуры гомо-олигомерных лиганд-управляемых рецепторов, выделенные у разных организмов: бактерий (GLIC, ELIC), беспозвоночных (GluCl), рыб (α1 GlyR) и человека (α3 GlyR и β3 ГАМКАР). Для оптимизации структуры моделей мы использовали метод Монте-Карло минимизации энергии. В этой работе мы изучали, как геометрия и размеры поры зависят от функционального состояния рецептора. Выбор шаблона при построении структурных моделей является критически важным, так как от этого зависит качество модели и корректность полученных с ее помощью результатов. Мы показали допустимость использования структур GLIC, ELIC и GluCl, выделенных у бактерий и низших животных, для гомологического моделирования региона поры ГАМКАР человека. Наши модели, построенные на основе максимально широкого набора шаблонов, предсказывают значительное сужение поры ГАМКАР на уровнях колец остатков -2′, 9′ и 20′. Зависимость диаметра этих колец от функционального состояния рецептора предполагает их участие в воротных механизмах рецептора, имеющих важное физиологическое значение.
- Добавил в систему: Россохин Алексей Владимирович