ПОИСК ПОДХОДОВ К УЛУЧШЕНИЮ ТОЧНОСТИ РАСЧЕТОВ ЭНЕРГИИ СВЯЗЫВАНИЯ БЕЛОК-ЛИГАНД С ПОМОЩЬЮ ДОКИНГА

СУЛИМОВ, А.В.; КУТОВ, Д.К.; КАТКОВА, Е.В.; КОНДАКОВА, О.А.; СУЛИМОВ, В.Б.

Авторы: СУЛИМОВ А.В., КУТОВ Д.К., КАТКОВА Е.В., КОНДАКОВА О.А., СУЛИМОВ В.Б.
Журнал: Известия Академии наук. Серия химическая
Номер: 10
Год издания: 2017
Издательство: ФГБУ "Издательство "Наука"
Местоположение издательства: Москва
Первая страница: 1913
Последняя страница: 1924
DOI: 10.1007/s11172-017-1966-6
Аннотация: Рассмотрены причины, ограничивающие точность вычисления энергии связывания белок-лиганд с помощью программ молекулярного докинга (от англ. docking - стыковка): ограниченные возможности алгоритмов поиска глобального минимума на сложной многомерной энергетической поверхности белок-лиганд, ограничение степеней свободы системы белок-лиганд, в том числе для случая жесткого белка, неадекватность существующих силовых полей, отсутствие учета или слишком грубый учет растворителя в процессе докинга, отсутствие в процессе докинга локальной оптимизации энергии, неточность построения моделей белка-мишени и лиганда, упрощение метода расчета свободной энергии Гиббса молекулярной системы, ограниченные вычислительные ресурсы на докинг одного лиганда. Предложен новый подход к разработке программ докинга нового поколения, позволяющий поэтапно снять существующие упрощения и существенно повысить точность всего процесса докинга, в том числе и точность расчета энергии связывания белок-лиганд. Представлены результаты исследований, показывающие реализуемость решения поставленной задачи.
Добавил в систему: Кутов Данил Константинович

	ИСТИНА	Войти в систему Регистрация
	ИПМех РАН
	Главная Поиск Статистика О проекте Помощь

ИСТИНА

ИПМех РАН

ПОИСК ПОДХОДОВ К УЛУЧШЕНИЮ ТОЧНОСТИ РАСЧЕТОВ ЭНЕРГИИ СВЯЗЫВАНИЯ БЕЛОК-ЛИГАНД С ПОМОЩЬЮ ДОКИНГАстатья

Прикрепленные файлы