|
ИСТИНА |
Войти в систему Регистрация |
ИПМех РАН |
||
Моделирование нуклеосом методами атомистического суперкомпьютерного моделированиястатья
- Авторы: Армеев Г.А., Блинов В.Н., Севенюк А.А., Студитский В.М., Шайтан А.К.
- Журнал: International Journal of Qafqaz University (PHYSICA)
- Том: 1
- Номер: 2
- Год издания: 2013
- Первая страница: 91
- Последняя страница: 99
- Аннотация: Формирование белками гистонами и участками молекулы ДНК компактных образований – нуклеосом способствует не только упаковке молекулы ДНК в ядре клетки, но и играет важную роль в регуляции процессов транскрипции и экспрессии генов. В ходе работы созданы молекулярно-механические модели нуклеосом и их составляющих в явном растворителе, для которых настроена возможность проведения суперкомпьютерного моделирования методом молекулярной динамики с использованием параллельных технологий по методу декомпозиции области. Проведен ряд рекордных молекулярно-динамических расчетов со временем моделирования до 1 микросекунды. Исследована крупномасштабная конформационная подвижность нуклеосом, а также отдельно гистонов и ДНК, с помощью методов ковариационного анализа отклонений координат атомов. Исследован процесс разворачивания ДНК при потере нуклеосомой H2A-H2B димера. Получена атомистическая модель структуры гексасомы.
- Добавил в систему: Армеев Григорий Алексеевич