Использование методов биоинформатического анализа для идентификации аминокислотных остатков, ответственных за специфичное связывание рецептора нейраминидазой вируса гриппа Адипломная работа (Бакалавр)
Аннотация:КУРСОВАЯ РАБОТА СТУДЕНТА 2 КУРСА
Поверхностный белок вируса гриппа – нейраминидаза – специфично отрезает
сиаловую кислоту с поверхности клеток хозяина, играя ключевую роль в распространении
инфекции. В связи с этим, изучение молекулярных основ, определяющих специфичность
нейраминидазы к рецепторам человеческого и птичьего типа, является важным шагом в
понимании механизмов патогенности вируса.
Для поиска функциональных позиций нейраминидазы был использован биоинформатический анализ. Поскольку напрямую получить разбиение нейраминидаз на
функциональные подсемейства невозможно, в анализе был использован гемагглютинин
вируса гриппа, осуществляющий специфичное распознавание тех же рецепторов, что и
нейраминидаза, при проникновении вируса внутрь клетки. Как предполагается,
специфичность гемагглютинина коэволюционирует со специфичностью нейраминидазы.
Разбиение гемагглютинина было получено с использованием мутаций, приводящих к
различиям в его субстратной специфичности, известных из литературы. Соответствующая
полученному разбиению выборка нейраминидаз была профильтрована и выровнена. В
результате биоинформатическго анализа этого выравнивания были получены 43
консервативных и 34 специфических позиции. Большинство остатков, необходимых
нейраминидазе для катализа, были найдены консервативными, тогда как обнаруженные
специфические позиции не принимают прямого участия в катализе, участвуя в
распознавании второго и третьего сахаридных колец рецептора. Некоторые из этих
специфических позиций являются объектами действия широкоиспользуемых ингибиторов.
Полученные специфические позиции предлагается использовать для анализа с
помощью методов молекулярного моделирования с целью выяснения их возможного
влияния на процесс связывания субстрата и катализа.