Ефремов Роман Гербертович
пользователь
доктор физико-математических наук с 2000 года
профессор по специальности № 03.01.02 с 13 июля 2007 г.
ФГБУН Институт биоорганической химии им. академиков М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова Российской академии наук (ИБХ РАН), главный научный сотрудник, заведующий лабораторией моделирования биомолекулярных систем
Количество цитирований статей в журналах по данным
Web of Science: 3271,
Scopus: 2911
РИНЦ:
IstinaResearcherID (IRID): 405063
Деятельность
Статьи в журналах
The X-Ray Structure of Salmonella typhimurium Uridine Nucleoside Phosphorylase Complexed with 2,2`-Anhydrouridine, Phosphate and Potassium Ions at 1.86
Lashkov A.A.,
Zhukhlistova N.E.,
Gabdoulkhakov A.H.,
Shtil A.A. ,
Efremov R.G. ,
Mikhailov A.M.
в журнале Resolution. (2010) Acta Cryst. D , том 66, № 1, с. 51-60
2021
Human Three-Finger Protein Lypd6 Is a Negative Modulator of the Cholinergic System in the Brain
Kulbatskii Dmitrii ,
Shenkarev Zakhar ,
Bychkov Maxim,
Loktyushov Eugene ,
Shulepko Mikhail ,
Koshelev Sergey ,
Povarov Igor ,
Popov Alexander ,
Peigneur Steve ,
Chugunov Anton ,
Kozlov Sergey ,
Sharonova Irina ,
Efremov Roman ,
Skrebitsky Vladimir ,
Tytgat Jan ,
Kirpichnikov Mikhail ,
Lyukmanova Ekaterina
в журнале Frontiers in Cell and Developmental Biology , издательство Frontiers Media S.A. (Lausanne, Switzerland) , том 9
DOI
2021
Искусственный пептидный лиганд калиевого канала KV1.1 с высокой селективностью
Табакмахер В.М. ,
Кузьменков А.И. ,
Гиголаев А.М. ,
Пиньейро-Жуниор Э.Л. ,
Пеньёр С. ,
Ефремов Р.Г. ,
Титгат Я. ,
Василевский А.А.
в журнале Российский физиологический журнал им. И.М.Сеченова , издательство Наука (СПб.) , том 107, № 4-5, с. 584-604
DOI
2020
Complex approach for analysis of snake venom alpha-neurotoxins binding to HAP, the high-affinity peptide
Kudryavtsev Denis S. ,
Tabakmakher Valentin ,
Budylin Gleb S. ,
Egorova Natalia S. ,
Efremov Roman G. ,
Ivanov Igor A. ,
Belukhina Svetlana Yu ,
Jegorov Artjom V. ,
Kasheverov Igor E. ,
Kryukova Elena V. ,
Shelukhina Irina V. ,
Shirshin Evgeny A. ,
Zhdanova Nadezhda G. ,
Zhmak Maxim N. ,
Tsetlin Victor I.
в журнале Scientific reports , издательство Nature Publishing Group (United Kingdom) , том 10, № 1
DOI
2020
Dimeric states of transmembrane domains of insulin and IGF-1R receptors: Structures and possible role in activation
Kuznetsov Andrey S. ,
Zamaletdinov Miftakh F. ,
Bershatsky Yaroslav V. ,
Urban Anatoly S. ,
Bocharova Olga V. ,
Bennasroune Amar ,
Maurice Pascal ,
Bocharov Eduard V. ,
Efremov Roman G.
в журнале Biochimica et Biophysica Acta - Biomembranes , издательство Elsevier BV (Netherlands) , том 1862, № 11
DOI
2020
Probing temperature and capsaicin-induced activation of TRPV1 channel via computationally guided point mutations in its pore and TRP domains
Lubova Kseniya I. ,
Chugunov Anton O. ,
Volynsky Pavel E. ,
Trofimov Yuri A. ,
Korolkova Yuliya V. ,
Mosharova Irina V.,
Kozlov Sergey A. ,
Andreev Yaroslav A. ,
Efremov Roman G.
в журнале International Journal of Biological Macromolecules , издательство Elsevier BV (Netherlands) , том 158, с. 1175-1183
DOI
2020
Structure of Supramers Formed by the Amphiphile Biotin-CMG-DOPE
Zalygin Anton ,
Solovyeva Daria ,
Vaskan Ivan ,
Henry Stephen ,
Schaefer Marcel ,
Volynsky Pavel ,
Tuzikov Alexander ,
Korchagina Elena,
Ryzhov Ivan ,
Nizovtsev Alexey ,
Mochalov Konstantin ,
Efremov Roman ,
Shtykova Eleonora ,
Oleinikov Vladimir ,
Bovin Nicolai
в журнале ChemistryOpen , том 9, № 6, с. 641-648
DOI
2020
Transmembrane Peptides as Inhibitors of Protein-Protein Interactions: An Efficient Strategy to Target Cancer Cells?
Albrecht Camille ,
Appert-Collin Aline ,
Bagnard Dominique ,
Blaise Sébastien ,
Romier-Crouzet Béatrice ,
Efremov Roman G. ,
Sartelet Hervé ,
Duca Laurent ,
Maurice Pascal ,
Bennasroune Amar
в журнале Frontiers in oncology , издательство Frontiers Research Foundation (Switzerland) , том 10
DOI
2020
Transmembrane Peptides as a New Strategy to Inhibit Neuraminidase-1 Activation
Albrecht Camille ,
Kuznetsov Andrey S. ,
Appert-Collin Aline ,
Dhaideh Zineb ,
Callewaert Maïté ,
Bershatsky Yaroslav V. ,
Urban Anatoly S. ,
Bocharov Eduard V. ,
Bagnard Dominique ,
Baud Stéphanie ,
Blaise Sébastien ,
Romier-Crouzet Béatrice ,
Efremov Roman G. ,
Dauchez Manuel ,
Duca Laurent ,
Gueroult Marc ,
Maurice Pascal ,
Bennasroune Amar
в журнале Frontiers in Cell and Developmental Biology , издательство Frontiers Media S.A. (Lausanne, Switzerland) , том 8
DOI
2019
Familial L723P Mutation Can Shift the Distribution between the Alternative APP Transmembrane Domain Cleavage Cascades by Local Unfolding of the Ε‑Cleavage Site Suggesting a Straightforward Mechanism of Alzheimer’s Disease Pathogenesis
Bocharov E.V. ,
Nadezhdin K.D. ,
Urban A.S. ,
Volynsky P.E. ,
Pavlov K.V. ,
Efremov R.G. ,
Arseniev A.S. ,
Bocharova O.V.
в журнале ACS chemical biology , издательство American Chemical Society (United States) , том 14, № 7, с. 1573-1582
DOI
2018
Atomistic mechanism of the constitutive activation of PDGFRA via its transmembrane domain
Polyansky A.A. ,
Bocharov E.V. ,
Velghe A.I. ,
Kuznetsov A.S. ,
Bocharova O.V. ,
Urban A.S. ,
Arseniev A.S. ,
Zagrovic B. ,
Demoulin J.P. ,
Ефремов Р.Г.
в журнале BBA - General Subjects , том 1863, № 11, с. 82-95
2018
Improving therapeutic potential of antibacterial spider venom peptides: coarse-grain molecular dynamics guided approach
Dubovskii P.V. ,
Ignatova A.A. ,
Volynsky P.E. ,
Ivanov I.A. ,
Kazakova E.D. ,
Zhmak M.N. ,
Feofanov A.V. ,
Efremov R.G.
в журнале Future Medicinal Chemistry , издательство Future Science Ltd. (United Kingdom) , том 10, № 19, с. 2309-2322
DOI
2018
Probing the effect of membrane contents on transmembrane protein-protein interaction using solution NMR and computer simulations
Bragin P.E. ,
Kuznetsov A.S. ,
Bocharova O.V. ,
Volynsky P.E. ,
Arseniev A.S. ,
Ефремов Р.Г. ,
Mineev K.S.
в журнале Biomembranes , издательство Plenum Press. (New York, United States) , том 1860, с. 2486-2498
2018
Proton-independent activation of acid-sensing ion channel ASIC3 by alkaloid lindoldhamine from Laurus nobilis
Osmakov D. ,
Koshelev S. ,
Andreev Y. ,
Dubinnyi M. ,
Kublitski V. ,
Ефремов Р.Г. ,
Sobolevsky A. ,
Kozlov S.
в журнале British Journal of Pharmacology , издательство Nature Publishing Group (United Kingdom) , том 175, № 6, с. 924-937
2017
Conformation of EGFR transmembrane domain dimer dynamically adapts to local membrane environment
Bocharov E.V. ,
Bragin P.E. ,
Pavlov K.V. ,
Bocharova O.V. ,
Mineev K.S. ,
Polyansky A.A. ,
Volynsky P.E. ,
Efremov R.G. ,
Arseniev A.S.
в журнале Biochemistry , издательство American Chemical Society (United States) , том 56, с. 1697-1705
2017
Structural/dynamic “portraits” of recombinant and native cytotoxin I from N. oxiana: how close they are?
Dubovskii P.V. ,
Dubinnyi M.A. ,
Konshina A.G.,
Kazakova E.D. ,
Sorokoumova G.M.,
Ilyasova T.M.,
Shulepko M.A. ,
Chertkova R.V. ,
Lyukmanova E.N. ,
Dolgikh D.A. ,
Arseniev A.S. ,
Efremov R.G.
в журнале Biochemistry , издательство American Chemical Society (United States) , том 56, с. 4468-4477
2017
Why human anti-Galα1–4Galβ1–4Glc natural antibodies do not recognize the trisaccharide on erythrocyte membrane? Molecular dynamics and immunochemical investigation
Volynsky P. ,
Efremov R. ,
Mikhalev I.,
Dobrochaeva K.,
Tuzikov A.,
Korchagina E.,
Obukhova P.,
Rapoport E.,
Bovin N.
в журнале Molecular Immunology , издательство Pergamon Press (United States) , том 90, с. 87-97
2016
SDSS-IV MaNGA: environmental dependence of stellar age and metallicity gradients in nearby galaxies
Zheng Z. ,
Wang H. ,
Ge J.,
Mao S. ,
Li C.,
Li R. ,
Mo H.,
Goddard D. ,
Bundy K. ,
Li H.,
Nair P.,
Lin L.,
Long R.J. ,
Riffel R. ,
Thomas D.,
Masters K. ,
Bizyaev D. ,
Brownstein J.R.,
Zhang K.,
Law D.R. ,
Drory N. ,
Roman Lopes A. ,
Malanushenko O.
в журнале Monthly Notices of the Royal Astronomical Society , издательство Oxford Journals, Oxford University Press (Oxford, UK, England) , том 465, с. 4572-4588
DOI
2015
Structural Insight into Specificity of Interactions between Nonconventional Three-finger Weak Toxin from Naja kaouthia (WTX) and Muscarinic Acetylcholine Receptors
Lyukmanova Ekaterina N. ,
Shenkarev Zakhar O. ,
Shulepko Mikhail A. ,
Paramonov Alexander S. ,
Chugunov Anton O. ,
Janickova Helena ,
Dolejsi Eva ,
Dolezal Vladimir ,
Utkin Yuri N. ,
Tsetlin Victor I. ,
Arseniev A.S. ,
Efremov R.G. ,
Dolgikh D.A. ,
Kirpichnikov M.P.
в журнале Journal of Biological Chemistry , издательство American Society for Biochemistry and Molecular Biology Inc. (United States) , том 290, № 39, с. 23616-23630
DOI
2014
Interaction of linear cationic peptides with phospholipid membranes and polymers of sialic acid
Kuznetsov A.S.,
Dubovskii P.V. ,
Vorontsova O.V. ,
Feofanov A.V. ,
Efremov R.G.
в журнале Biochemistry (Moscow) , издательство Pleiades Publishing, Ltd (Road Town, United Kingdom) , том 79, № 5, с. 459-468
DOI
2013
Modular organization of α-toxins from scorpion venom mirrors domain structure of their targets, sodium channels
Chugunov A.O. ,
Koromyslova A.D.,
Berkut A.A. ,
Peigneur S. ,
Tytgat J. ,
Polyansky A.A. ,
Pentkovsky V.M. ,
Vassilevski A.A. ,
Grishin E.V. ,
Efremov R.G.
в журнале Journal of Biological Chemistry , издательство American Society for Biochemistry and Molecular Biology Inc. (United States) , том 288, № 26, с. 19014-19027
DOI
2012
Interaction between the elastin peptide VGVAPG and human elastin binding protein
Blanchevoye C. ,
Floquet N. ,
Scandolera A. ,
Baud S.,
Maurice P.,
Bocquet O.,
Blaise S.,
Ghoneim C. ,
Cantarelli B.,
Delacoux F. ,
Dauchez M.,
Efremov R.G. ,
Martiny L.,
Duca L.,
Debelle L.
в журнале Journal of Biological Chemistry , издательство American Society for Biochemistry and Molecular Biology Inc. (United States)
DOI
2011
Dimeric structure of the transmembrane domain of glycophorin A in lipidic and detergent environments
Mineev KS ,
Bocharov EV ,
Volynsky PE ,
Goncharuk MV ,
Tkach EN ,
Ermolyuk YS ,
Schulga AA ,
Chupin VV ,
Maslennikov IV ,
Efremov RG ,
Arseniev AS
в журнале Acta Naturae (англоязычная версия) , издательство Park Media Ltd (Moscow, Russia (Federation)) , том 3, № 2, с. 90-98
2011
Dimeric structure of transmembrane domain of glycophorin A in lipidic and in detergent environments
Mineev K.S.,
Bocharov E.V.,
Volynsky P.E.,
Goncharuk M.V. ,
Tkach E.N.,
Ermolyuk Ya S.,
Shulga A.A.,
Chupin V.V.,
Maslennikov I.V.,
Efremov R.G. ,
Arseniev A.S.
в журнале Acta Naturae (англоязычная версия) , издательство Park Media Ltd (Moscow, Russia (Federation)) , том 3, № 1, с. 113-121
2011
Insulin receptor-related receptor as an extracellular alkali sensor
Deyev I.E. ,
Sohet F. ,
Vassilenko K.P.,
Serova O.V.,
Popova N.V.,
Zozulya S.A.,
Burova E.B.,
Houillier P.,
Rzhevsky D.I.,
Berchatova A.A.,
Murashev A.N.,
Chugunov A.O.,
Efremov R.G. ,
Nikol’sky N.N.,
Bertelli E.,
Eladari D.,
Petrenko A.G.
в журнале Cell Metabolism , издательство Cell Press (United States) , том 13, № 6, с. 679-89
2011
Lateral clustering of lipids in hydrated bilayers composed of dioleoylphosphatidylcholine and dipalmitoylphosphatidylcholine
Pyrkova D.V.,
Tarasova N.K.,
Pyrkov T.V.,
Krylov N.A.,
Efremov R.G.
в журнале Biochemistry (Moscow), Supplement Series A: Membrane and Cell Biology , издательство Pleiades Publishing, Ltd (Road Town, United Kingdom) , том 5, № 3, с. 278-285
2011
Linker and/or transmembrane regions of influenza A/Group-1, A/Group-2, and type B virus hemagglutinins are packed differently within trimers
Kordyukova L.V. ,
Serebryakova M.V. ,
Polyansky A.A. ,
Kropotkina E.A. ,
Alexeevski A.V. ,
Veit M. ,
Efremov R.G. ,
Filippova I.Y. ,
Baratova L.A.
в журнале Biochimica et Biophysica Acta - Biomembranes , издательство Elsevier BV (Netherlands) , том 1808, № 7, с. 1843-1854
DOI
2011
Structural aspects of transmembrane domain interactions of receptor tyrosine kinases
Eduard Bocharov ,
Konstantin Mineev ,
Dmitry Lesovoy ,
Marina Goncharuk ,
Sergey Goncharuk ,
Olga Bocharova ,
Pavel Volynsky ,
Roman Efremov ,
Alexander Arseniev
в журнале Biophysical Journal , издательство Biophysical Society (United States) , том 100, № 3, с. 207a
DOI
2010
Computer simulations and modeling-assisted ToxR screening in deciphering 3D structures of transmembrane alpha-helical dimers: ephrin receptor A1
Volynsky P.E. ,
Mineeva E.A. ,
Goncharuk M.V. ,
Ermolyuk Ya S. ,
Arseniev A.S. ,
Efremov R.G.
в журнале Physical Biology , издательство IOP Publishing ([Bristol, UK], England) , том 7, № 1
DOI
2010
Left-Handed Dimeric Structure of Transmembrane Domain of the Human Receptor Tyrosine Kinase EphA2 via a Heptad Repeat Motif
Bocharov E.V. ,
Mayzel M.L.,
Volynsky P.E. ,
Mineev K.S.,
Tkach E.N.,
Ermolyuk Ya S.,
Schulga A.,
Efremov R.G. ,
Arseniev A.S.
в журнале Biophysical Journal , издательство Biophysical Society (United States) , том 98, № 5, с. 881-889
2009
N-terminal amphipathic helix as a trigger of hemolytic activity in antimicrobial peptides: a case study in latarcins
Polyansky A.A. ,
Vassilevski A.A. ,
Volynsky P.E. ,
Vorontsova O.V.,
Samsonova O.V. ,
Egorova N.S. ,
Krylov N.A. ,
Feofanov A.V. ,
Arseniev A.S. ,
Grishin E.V.,
Efremov R.G.
в журнале FEBS Letters , издательство Elsevier BV (Netherlands) , том 583, № 14, с. 2425-2428
DOI
2009
Specific membrane binding of neurotoxin II can facilitate its delivery to acetylcholine receptor
Lesovoy D.M.,
Bocharov E.V.,
Lyukmanova E.N. ,
Kosinsky Y.A.,
Shulepko M.A.,
Dolgikh D.A. ,
Kirpichnikov M.P. ,
Efremov R.G. ,
Arseniev A.S.
в журнале Biophysical Journal , издательство Biophysical Society (United States) , том 97, № 7, с. 2089-2097
2008
3D Structure/Hydrophobicity of Latarcins Specifies their Mode of Membrane Activity
Dubovskii P.V.,
Volynsky P.E.,
Polyansky A.A.,
Karpunin D.V.,
Chupin V.V.,
Efremov R.G. ,
Arseniev A.S.
в журнале Biochemistry , издательство American Chemical Society (United States) , том 47, № 11, с. 3525-3533
2008
Homology Modeling of MT1 and MT2 Receptors
Farce A.,
Chugunov A.O.,
Logé C. ,
Yous S.,
Vergoten G. ,
Efremov R.G. ,
Lesieur D.,
Chavatte P.
в журнале European Journal of Medicinal Chemistry , издательство Elsevier BV (Netherlands) , том 43, с. 1926-1944
2008
Spatial Structure and pH-dependent Conformational Diversity of Dimeric Transmembrane Domain of the Receptor Tyrosine Kinase EphA1
Bocharov Eduard V. ,
Mayzel Maxim L. ,
Volynsky Pavel E. ,
Goncharuk Marina V. ,
Ermolyuk Yaroslav S. ,
Schulga Alexey A. ,
Artemenko Elena O. ,
Efremov Roman G. ,
Arseniev Alexander S.
в журнале Journal of Biological Chemistry , издательство American Society for Biochemistry and Molecular Biology Inc. (United States) , том 283, № 43, с. 29385-29395
DOI
2008
Spatial structure of dimeric transmembrane domain of growth factor receptor ErbB2 presumably corresponding to the receptor active state
Bocharov E.V. ,
Mineev K.S.,
Volynsky P.E.,
Ermolyuk Ya S.,
Tkach E.N.,
Sobol A.G.,
Chupin V.V.,
Kirpichnikov M.P. ,
Efremov R.G. ,
Arseniev A.S.
в журнале Journal of Biological Chemistry , издательство American Society for Biochemistry and Molecular Biology Inc. (United States) , том 283, № 11, с. 6950-6956
2007
Complementarity of hydrophobic properties in ATP-protein binding: a new criterion to rank docking solutions
Pyrkov T.V.,
Kosinsky Yu A.,
Arseniev A.S.,
Priestle J.P.,
Jacoby E.,
Efremov R.G.
в журнале Proteins: Structure, Function and Bioinformatics , издательство Wiley-Liss Inc (United States) , том 66, № 2, с. 388-398
2007
Specificity of helix packing in transmembrane dimer of the cell death factor BNIP3: a molecular modeling study
Vereshaga Ya A. ,
Volynsky P.E.,
Pustovalova Ju E.,
Nolde D.E. ,
Arseniev A.S.,
Efremov R.G.
в журнале Proteins: Structure, Function and Bioinformatics , издательство Wiley-Liss Inc (United States) , том 69, № 2, с. 309-325
2007
Unique dimeric structure of BNip3 transmembrane domain suggests membrane permeabilization as a cell death trigger
Bocharov Eduard V. ,
Pustovalova Yulia E. ,
Pavlov Konstantin V. ,
Volynsky Pavel E. ,
Goncharuk Marina V. ,
Ermolyuk Yaroslav S. ,
Karpunin Dmitry V. ,
Schulga Alexey A. ,
Kirpichnikov Michail P. ,
Efremov Roman G. ,
Maslennikov Innokenty V. ,
Arseniev Alexander S.
в журнале Journal of Biological Chemistry , издательство American Society for Biochemistry and Molecular Biology Inc. (United States) , том 282, № 22, с. 16256-16266
DOI
2005
Crystallization of F1F0-ATP synthase from Chloroflexus aurantiacus
Kiselyova O.I. ,
Shiryaeva G.N. ,
Efremov R.G. ,
Gordeliy V.I. ,
Yaminsky I.V. ,
Yanyushin M.F. ,
Bueldt G. ,
Yaguzhinsky L.S.
в журнале Journal of Crystal Growth , издательство Elsevier BV (Netherlands) , том 275, № 1-2, с. 1447-1452
DOI
2005
Interaction of three-finger toxins with phospholipid membranes: comparison of S- and P-type cytotoxins
Dubovskii PV,
Lesovoy DM,
Dubinnyi MA,
Konshina AG,
Utkin YN,
Efremov RG ,
Arseniev AS
в журнале Biochemical Journal , издательство Portland Press, Ltd. (United Kingdom) , том 387, № 3, с. 807-815
2004
Development of the Force Field Parameters for Phosphoimidazole and Phosphohistidine
Kosinsky Yu A.,
Volynsky P.E.,
Lagant P. ,
Vergoten G.,
Suzuki E.,
Arseniev A.S.,
Efremov R.G.
в журнале Journal of Computational Chemistry , издательство John Wiley & Sons Inc. (United States) , том 25, № 11, с. 1313-1321
2004
Molecular Modeling of the Nucleotide-Binding Domain of the Wilson’ Disease Protein: Location of the ATP-binding Site
Efremov R.G. ,
Kosinsky Yu A.,
Nolde D.E.,
Tsivkovskii R.,
Arseniev A.S.,
Lutsenko S.
в журнале Biochemical Journal , издательство Portland Press, Ltd. (United Kingdom) , том 382, № 1, с. 293-305
2002
A cytochrome c mutant with high electron transfer and antioxidant activities but devoid of apoptogenic effect
Abdullaev Z.K.h,
Bodrova M.E. ,
Chernyak B.V. ,
Dolgikh D.A. ,
Kluck R.M. ,
Pereverzev M.O. ,
Arseniev A.S. ,
Efremov R.G. ,
Kirpichnikov M.P. ,
Mokhova E.N. ,
Newmeyer D.D. ,
Roder H. ,
Skulachev V.P.
в журнале Biochemical Journal , издательство Portland Press, Ltd. (United Kingdom) , том 362, № 3, с. 749-754
1999
Human chemokine receptors CCR5, CCR3, and CCR2B share common polarity motif in the first extracellular loop with other human GPCRs: implications for HIV-1 coreceptor function
Efremov R.G. ,
M-J Truong ,
Darcissac E.C.A ,
Zeng J.,
Grau O.,
Vergoten G.,
Debard C.,
Capron A.,
Bahr G.M.
в журнале European Journal of Biochemistry , том 263, № 3, с. 746-756
1998
Dissociation of the catalytic and binding subunits of viscumin occurs before translocation of the toxin across the membrane
Agapov II ,
Tonevitskiĭ AG ,
Moĭsenovich MM ,
Marliuchenko NV ,
Gusarova VIu ,
Efremov RG ,
Mikhaĭlov AM ,
Kirpichnikov MP
в журнале Doklady Akademii nauk SSSR , издательство Akademiia Nauk Sssr (Russian Federation) , том 363, № 6, с. 823-826
1998
Диссоциация каталитической и связывающей субъединиц вискумина происходит до транслокации токсина через мембрану
Агапов И.И. ,
Тоневицкий А.Г. ,
Мойсенович М.М. ,
Малюченко Н.В.,
Гусарова В.Ю. ,
Ефремов Р.Г. ,
Михайлов А.М. ,
Кирпичников М.П.
в журнале Доклады Академии наук , издательство Наука (М.) , том 363, № 6, с. 6823-6826
1992
Transmembrane organization of the Na,K-ATPase molecule
Modyanov N.N.,
Lutsenko S.V.,
Chertova E.N.,
Efremov R.G. ,
Gulyaev D.I.
в журнале Acta physiologica Scandinavica , издательство Blackwell Scientific Publications (Oxford, England) , том 146, № 607, с. 49-58
1988
Differentiated analysis of the secondary structure of hydrophilic and hydrophobic regions in a- and b-subunits of Na,K-ATPase by Raman spectroscopy
Ovchinnikov Yu A.,
Arystarkhova E.A.,
Arzamazova N.M.,
Dzhandzhugazyan K.N.,
Efremov R.G. ,
Nabiev I.R.,
Modyanov N.N.
в журнале FEBS Letters , издательство Elsevier BV (Netherlands) , том 227, № 2, с. 235-239
1988
Sequence analysis of exposed domains of membrane-bound Na+,K+-ATPase. Model of transmembrane arrangement
Arzamazova N.M.,
Arystarkhova E.A.,
Gevondyan N.M. ,
Luneva N.M.,
Efremov R.G. ,
Aldanova N.A.,
Nesmeyanov V.A.,
Modyanov N.N.
в журнале Progress in clinical and biological research , издательство WILEY-LISS (DIV JOHN WILEY & SONS INC, 111 RIVER ST, HOBOKEN,USA, NJ, 07030) , том 268, с. 57-64
1987
Transmembrane organization of Na,K-ATPase: secondary structure of hydrophilic and hydrophobic regions in a- and b-subunits of enzyme as probed by optical spectroscopy
Modyanov N.N.,
Arystarkhova E.A.,
Arzamazova N.M.,
Dzhandzhugazyan K.N.,
Efremov R.G. ,
Nabiev I.R.,
Ovchinnikov Yu A.
в журнале Biologicheskie Membrany , издательство Biologicheskie Membrany (Russian Federation) , том 4, № 12, с. 1244-1253
Статьи в сборниках
2012
Structure-Functional Insight into Transmembrane Helix Dimerization by Protein Engineering, Molecular Modeling and Heteronuclear NMR Spectroscopy
Bocharov Eduard ,
Volynsky Pavel ,
Mineev Konstantin ,
Lesovoy Dmitry ,
Nadezhdin Kirill ,
Bocharova Olga,
Goncharuk Marina ,
Goncharuk Sergey ,
Efremov Roman ,
Arseniev Alexander
в сборнике Issue 3, Supplement 1 , серия Biophysical Journal , издательство Biophysical Society (United States) , том 102, с. 470A-470A
DOI
Книги
2017
Физико-химические механизмы и регуляция процессов трансформации энергии в биологических структурах (Под редакцией Г.Ю.Ризниченко, А.Б.Рубина)
Кузнецов А.С.,
Ефремов Р.Г. ,
Нокс П.П. ,
Горохов В.В. ,
Твердислов В.А.,
Финкельштейн А.В. ,
Бадретдинов А.Я. ,
Галзитская О.В. ,
Иванков Д.Н.,
Богатырева Н.С. ,
Гарбузинский С.А. ,
Нечипуренко Ю.Д. ,
Давлетшина Л.Н. ,
Ловягина Е.Р. ,
Сёмин Б.К. ,
Антонов В.Ф.,
Корепанова Е.А. ,
Немченко О.Ю. ,
Булычев А.А. ,
Маторин Д.Н. ,
Ванин А.Ф. ,
Максимов Г.В. ,
Бочкарева С.С. ,
Кутузов Н.П. ,
Узденский А.Б. ,
Красильников П.М. ,
Кренделева Т.Е. ,
Антал Т.К. ,
Кукарских Г.П. ,
Волгушева А.А. ,
Вершубский А.В. ,
Тихонов А.Н.,
Ризниченко Г.Ю. ,
Плюснина Т.Ю. ,
Дьяконова А.Н. ,
Коваленко И.Б. ,
Хрущев С.С. ,
Бинги В.Н. ,
Полежаев А.А. ,
Кузнецов М.Б.
место издания Москва-Ижевск: Институт компьютерных исследований , ISBN 978-5-4344-0420-4, 522 с.
Доклады на конференциях
2022
Spike glycoprotein of SARS-CoV-2 is a putative substrate for DHHC20 acyltransferase as suggested by molecular dynamics simulations and surface hydrophobic/hydrophilic properties of 3D structures of transmembrane domains
(Стендовый)
Авторы:
Chugunov A. ,
Gadalla M.R. ,
Panina I. ,
Aliper E. ,
Krylov N. ,
Efremov R. ,
Veit M. ,
Kordyukova L.
31st Annual Meeting of the Society of Virology , Мюнхен, Германия, 30 марта - 2 апреля 2022
2018
Fighting celiac disease: improvement of pH-stability of Cathepsin L by computational design
(Устный)
Авторы:
Chugunov A. ,
Nolde D. ,
Tereshchenkova V.F. ,
Dvoryakova E.A. ,
Filippova I.Yu ,
Elpidina E.N. ,
Efremov R.
3rd International Symposium “Mathematical Modeling and High-Performance Computing in Bioinformatics, Biomedicine and Biotechnology (MM-HPC-BBB-2018 / BGRS’2018) , Новосибирск, Россия, 21-24 августа 2018
2018
Structural basis of the signal transduction via transmembrane domain of type I receptors studied by high-resolution NMR
(Стендовый)
Авторы:
Eduard Bocharov ,
Dmitry Lesovoy ,
Olga Bocharova ,
Anatoly Urban ,
Konstantin Mineev ,
Pavel Bragin ,
Konstantin Pavlov,
Pavel Volynsky ,
Roman Efremov ,
Alexander Arseniev
XXVIIIth International Conference on Magnetic Resonance in Biological Systems. Frontier of magnetic resonance in Biological Systems. , Университетский колледж Дублина, Ирландия, 19-24 августа 2018
2017
Комплексные структурно-динамические исследования функциональной ассоциации мембранных доменов рецепторов типа I
(Пленарный)
Авторы:
Арсеньев А.С. ,
Бочаров Э.В. ,
Минеев К.С. ,
Лесовой Д.М. ,
Надеждин К.Д. ,
Гончарук С.А. ,
Бочарова О.В. ,
Шаронов Г.В. ,
Феофанов А.В. ,
Волынский П.Е. ,
Полянский А.А. ,
Ефремов Р.Г.
12th International Scientific Conference on Bioorganic Chemistry devoted to the Memory of Professor Ovchinnikov/Международная научная конференция "XII чтения памяти академика Юрия Анатольевича Овчинникова" VIII Российский симпозиум "Белки и пептиды" , Москва, Россия, 18-22 сентября 2017
2017
Конформационные перестройки и взаимодействия трансмембранных доменов РТК, лежащие в основе передачи сигнала через мембрану клетки
(Устный)
Авторы:
Бочаров Э.В. ,
Лесовой Д.М. ,
Минеев К.С. ,
Бочарова О.В. ,
Гончарук С.А. ,
Надеждин К.Д. ,
Брагин П.Е. ,
Шаронов Г.В. ,
Волынский П.Е. ,
Полянский А.А. ,
Ефремов Р.Г. ,
Арсеньев А.С.
12th International Scientific Conference on Bioorganic Chemistry devoted to the Memory of Professor Ovchinnikov/Международная научная конференция "XII чтения памяти академика Юрия Анатольевича Овчинникова" VIII Российский симпозиум "Белки и пептиды" , Москва, Россия, 18-22 сентября 2017
Тезисы докладов
2018
Fighting celiac disease: improvement of pH-stability of Cathepsin L by computational design
Chugunov A. ,
Nolde D. ,
Tereshchenkova V.F. ,
Dvoryakova E.A. ,
Filippova I.Yu ,
Elpidina E.N. ,
Efremov R.
в сборнике Proceedings of the 3rd International Symposium “Mathematical Modeling and High-Performance Computing in Bioinformatics, Biomedicine and Biotechnology (MM-HPC-BBB-2018 / BGRS’2018), Novosibirsk, Russia, August 21–24 , место издания ФГУП «Издательство СО РАН» Новосибирск, Россия , тезисы, с. 17-17
DOI
2011
Structural and dynamical model of transmembrane domain of fibroblast growth factor receptor 3
Lesovoy DM ,
Bocharov EV ,
Mayzel ML ,
Goncharuk SA ,
Goncharuk MV ,
Volynsky PE ,
Efremov RG ,
Arseniev AS
в сборнике EUROMAR 2011 , серия EUROMAR , место издания Germany, Frankfurt-am-Main , тезисы, с. 191-191
2011
Структурно-динамическая модель трансмембранного домена рецептора фактора роста фибробластов в норме и патологии
Лесовой ДМ ,
Бочаров ЭВ ,
Майзель МЛ ,
Гончарук СА ,
Гончарук МВ ,
Волынский ПЕ ,
Ефремов РГ ,
Арсеньев АС
в сборнике X чтения памяти академика Юрия Анатольевича Овчинникова , серия Научная конференция по биоорганической химии и биотехнологии , место издания ИБХ РАН Россия, Москва , тезисы, с. 22-22
НИРы
Патенты
2008
Пептиды латарцины, проявляющие антимикробную активность
Авторы:
Козлов С.А. ,
Василевский А.А. ,
Самсонова О.В. ,
Полянский А.А. ,
Волынский П.Е. ,
Феофанов А.В. ,
Ефремов Р.Г. ,
Арсеньев А.С. ,
Гришин Е.В.
#2319745, 20 марта
2007
Пептиды латарцины, проявляющие антимикробную активность
Авторы:
Козлов Сергей Александрович ,
Василевский Александр Александрович ,
Воронцова Ольга Валентиновна ,
Полянский Антон Александрович ,
Волынский Павел Евгеньевич ,
Феофанов Алексей Валерьевич ,
Ефремов Роман Гербертович ,
Арсеньев Александр Сергеевич ,
Гришин Евгений Васильевич
#2306148, 20 сентября
Свидетельства о регистрации прав на программное обеспечение
Членство в диссертационных советах
с 13 марта 2017
МГУ.015.5(МГУ.03.02), МГУ имени М.В. Ломоносова, Биологический факультет
03.01.09 - Математическая биология, биоинформатика (физ.-мат. науки)
Действующие члены совета:
Рубин А.Б. ,
Булычев А.А. ,
Лобышев В.И. ,
Максимов Г.В. ,
Фурсова П.В. ,
Ефремов Р.Г. ,
Немухин А.В. ,
Нокс П.П. ,
Пащенко В.З. ,
Погосян С.И. ,
Ризниченко Г.Ю. ,
Сахаров И.Ю. ,
Соболев А.С. ,
Соколова О.С. ,
Страховская М.Г. ,
Тихонов А.Н. ,
Трофимов А.В. ,
Феофанов А.В. ,
Чеботарева Н.А. ,
Шайтан К.В. ,
Яковенко Л.В.
Руководство диссертациями
Диссертация
Авторство учебных курсов